研究院设有决策机构、学术指导机构、研究机构及保障机构等部门。理事会是决策机构，负责智库重要事项的组织及决策；学术委员会是学术指导机构，负责项目选题、课题评审、成果评价以及提供学术指导和研究咨询支持等。研究院设置5个研究所和行政办公室、项目研究部、财务部、国际办等职能部门。

1.理事会

理事会为研究院的决策机构，职责是对研究院整体规划、重大活动、财务预算和管理进行战略决策、指导和监督。理事会规模维持在10人左右。理事会选举产生一名主席，理事会主席可以提名并经一定程序委任新理事。

理事会原则上每年召开一次以上。

2.学术委员会

学术委员会为研究院的学术指导机构。经理事会同意，理事会主席可从理事会理事中任命学术委员会主任或副主任主席。征求研究院院长意见后，学术委员会主任可基于学术声誉选任10-15名学术委员会委员。学术委员会每年至少召开一次全体会议。理事会理事可同时担任学术委员会委员。学术委员会与研究院院长一起负责制定研究院战略方针、学术计划和项目政策、并检查评估所有完成的及未完成项目的效果。

学术委员会原则上每年召开一次以上。

3.院务委员会

研究院实行院务委员会制度，院务委员会由院长、副院长和各所（部）长组成。实行院长负责制，全面负责研究院工作，副院长协助院长开展工作。院长、副院长人选由理事会提名并任命。院务委员会执行理事会决议，向理事会报告中心工作，制定研究院管理制度，提出研究院年度工作计划，管理研究院所承担的科研项目，制定年度财务计划，决定研究院内部机构设置和人员安排，提出研究院管理人员的奖惩事项及其他相关事宜。

院务委员会原则上每月召开一次以上。

4.研究所部门:

包括：安全战略研究所、能源资源安全研究所、应急管理研究所、社会安全研究所、风险监测预警研究所。